В дополнение к четырем главным (большим) войнам Юстиниана, его огромные, рассредоточенные, плохо оплачиваемые, неравноценные в военном отношении силы были заняты в кампаниях широкого масштаба в Испании, балкано-дунайском регионе и во всем Средиземноморье. Он выстроил огромные системы укреплений для защиты уязвимых границ и для контроля беспокойных и спорных регионов вдоль Дуная; по всей Фракии, Эпиру, Фессалии, Македонии; в Фермопилах, Коринфе, на Херсонесском (Галлиполийском) п-ве и Таврике (Крымский полуостров); вдоль восточных границ с Персией - продлил и укрепил стену Анастасия, построенную через полуостров до Константинополя. В это же время он оказывал помощь своим союзникам, государству Сасанидов и Абиссинии, вторгавшимся на южные территории Персидской империи. Юстиниан осознавал опасность кровопролитных войн и дороговизны укреплений, уже построенных и только воздвигавшихся по всей империи, для ее экономики. Это, несомненно, наложило отпечаток на его поступки, чем можно объяснить и скупость, выражавшуюся в предоставлении незначительных военных сил своим полководцам, небольшое жалованье им и несвоевременную его выплату. Все эти причины часто приводили к дезертирству и мятежам против империи. Регулярные силы его армии никогда не превышали 150 000 чел. и были разбросаны в Испании, Италии, Африке, Египте, вдоль дунайских и персидских границ. Безусловно, даже его бережное отношение к бюджету не могло предотвратить общего развала экономики империи, а скупость только усугубляла положение из-за длительных войн, столь ненужных этой несчастной стране.

    Но в целом, несмотря на тяжелое экономическое положение страны, войны и завоевания Юстиниана приостановили на некоторое время распад Восточной Римской империи. Даже если победы были временными и незначительными, они поднимали престиж римского оружия и убеждали правителей Константинополя в совершенстве римской системы и превосходстве ее над варварами и их цивилизованными соседями.

    Особенно достойны порицания чувство зависти Юстиниана к Велизарию и попытки всякий раз незаслуженно унижать его. Ни у одного государя не было столь верного и преданного слуги. Чтобы ограничить рост влияния и силы Велизария (как, впрочем, и других полководцев), Юстиниан часто давал ему почти невыполнимые задания, посылал в опасные экспедиции с небольшими по численности войсками, лишая в крупномасштабных операциях единоначалия. После чего начинались обвинения, унижения, отставки. Но выдающийся воин вновь откликался на отчаянные призывы своего императора о помощи.

    Будучи во второй раз отстраненным от командования в Италии, Велизарий скромно и тихо жил в Константинополе, пока Юстиниан не вызвал его, чтобы поручить завершение консолидации отвоеванных регионов в южной Испании (554 г.). Затем вновь последовали отставка и забвение. Юстиниан, не колеблясь, позвал на помощь Велизария, а тот, не задумываясь, откликнулся на его зов, когда славяне в союзе с гуннами-кунтригурами во главе с ханом Заберганом достигли внешних укреплений Константинополя (559 г.). Все регулярные войска находились в кампаниях против персов и варваров или на границах империи. Всего с 300 ветеранами-кавалеристами да несколькими тысячами наспех собранных солдат Велизарий отразил атаку варваров, затем атаковал и отбросил их назад. Послужив Константинополю своей последней победой, Велизарий, не дождавшийся благодарности от императора, ушел в отставку.

    Вскоре после этого коварный и завистливый император обвинил его в измене и отправил в заточение (562 г.). Угрызения совести и здравый смысл подсказали Юстиниану мысль об освобождении Велизария, который вышел на свободу через год после своего заключения, был восстановлен во всех правах и стал жить с относительными почестями, но опять в забвении до своей смерти (565 г.).